O uso contínuo (por algumas semanas) de omeprazol é recomendado para o tratamento de algumas doenças do estômago, sendo que em alguns casos o tratamento prolongado é necessário.
Até o momento não foram encontradas evidências de que seu uso prolongado possa causar algum dano para o paciente. O que pode ocorrer é o aumento de alguns efeitos adversos -sem maior gravidade – no uso de longo prazo(1), como por exemplo náuseas, dor de cabeça e diarréia.
Contudo, em geral são de leve intensidade e tendem a desaparecer no decorrer do tratamento(2).

Fonte: https://aps.bvs.br/aps/quais-sao-as-reacoes-adversas-do-uso-continuo-do-omeprazol/ (via RSS)